3. TIPIFICACIÓN DEL VIRUS
Una vez detectadas las muestras positivas con la PCR, se realiza la tipificación del virus a fin de conocer el tipo de virus presente en la muestra, o más bien conocer si es una cepa de vacunación o una cepa de campo. Esta tipificación tipado se lleva a cabo mediante secuenciación.
El virus IBD puede clasificarse según su antigenicidad, pero también según su patogenicidad. Además, este virus está en constante evolución debido a mutaciones o una combinación de eventos. Por este motivo, Jackwood propuso en 2017 que todos los virus que circulaban por el mundo pudieran clasificarse en siete genogrupos diferentes, siendo los genogrupos 1, 2 y 3 los más prevalentes.
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El genogrupo 1 representa todos los los virus clasificados como cepas clásicas.
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El genogrupo 2 representa todos los los virus conocidos como cepas variantes.
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El genogrupo 3 representa las cepas muy virulentas.
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Todos los demás virus que no pertenecen a ninguno de estos tres genogrupos se clasifican en los grupos 4 a 7 en función de las características moleculares del virus.
El programa GUMBOCHECK ofrece dos informes diferentes:
1. Una tabla con el porcentaje de similitud de los nucleótidos en comparación con las cepas referenciadas en cada genogrupo, a fin de saber qué tipo de virus está presente en la muestra y a qué genogrupo pertenece.